Suomessa myydyn rypsiöljyn valmistusmenetelmät poikkeavat merkittävästi toisistaan. Käytetyllä menetelmällä on suuri vaikutus öljyyn laatuun ja koostumukseen. Kylmäpuristus on menetelmistä hellävaraisin ja luonnollisin. Muita menetelmiä ovat uutto ja kuumapuristus. 

Kylmäpuristus
Öljy irrotetaan valikoiduista rypsin siemenistä mekaanisesti puristamalla. Siemeniä ei kuumenneta eikä käsitellä kemiallisesti. Hellävarainen menetelmä takaa sen, että öljyn rasvahappokoostumus ja vitamiinit säilyvät luonnollisessa muodossaan. Kylmäpuristus säästää energiaa ja ympäristöä, sillä tuotannossa ei synny jätettä eikä päästöjä. Puristuksessa syntyvä siemenpuriste hyödynnetään eläinten valkuaisrehuna.

Uuttomenetelmä 
Yleisin menetelmä. Siemenet lämmitetään ja öljy irrotetaan liuottimilla. Uuton jälkeen liuottimet tislataan öljystä pois. Sen jälkeen öljy raffinoidaan lämpöä ja kemikaaleja käyttäen. Prosessissa poistetaan lesitiini, samalla osa flavonoideista ja vitamiineista häviää.

Kuumapuristus
Siemenet puristetaan kahdessa vaiheessa ja kuumennetaan. Saatu öljy raffinoidaan lämpöä ja kemikaaleja käyttäen. Raffinoinnin aste on tuotantolaitoksilla erilainen. Loppupuhdistuksessa öljystä poistetaan hajua, makua ja väriä.